Piano terra

Il pianterreno del Museo coincide con la basilica paleocristiana. Essa è costituita da un edificio di forma rettangolare (m 58 x 19 circa), a navata unica, con abside poligonale poco profonda, chiusa da un ambiente rettangolare, e presbiterio allungato, recintato da plutei Davanti alla facciata si addossava un nartece (portico) con tre porte d'ingresso, che si aprono in corrispondenza di quelle che introducevano alla chiesa: entro il suo perimetro sono stati trovati vari sarcofagi, di fattura molto semplice, in calcare, lasciati in loco. I muri laterali, conservati in altezza da uno a tre metri, appaiono scanditi ed irrobustiti da undici lesene ciascuno.
Il pavimento si mostra mosaicato con una doppia serie di sei riquadri, separati al centro da un lungo corridoio (tale parte è però perduta a causa dell'inserimento della "spina"): il tappeto musivo è costituito da un ricco repertorio di motivi geometrici, tecnicamente molto curati e stilisticamente assai vari, dal disegno severo, ordinati secondo schemi compositivi di sicuro respiro. Non vi è traccia di motivi figurati. Si ripetono ottagoni, cerchi, quadrati, elementi rettilinei e curvilinei: a distanze regolari sono inserite iscrizioni, in latino e greco, le quali formano un prezioso patrimonio. Per prima cosa, esse compaiono qui in quantità non comune, la maggiore finora riscontrata ad Aquileia; in secondo luogo, attraverso la formula che riferisce il nome del donatore e la misura di mosaico offerto, esse restituiscono una singolare mescolanza di nomi latini e orientale, specie siriaci. In tal modo, la basilica di Monastero si configura come la chiesa di una comunità assai varia, forse di commercianti o di persone comunque legate al porto, presso il quale abitavano formando un quartiere, spesso di mezzi limitati (come mostra la modesta pedatura in genere offerta), ma di fervida fede.
 La chiesa, sorta alla fine del IV secolo, dovette subire rilevanti danni nell'episodio attilano: nella ristrutturazione l'aula, già a campata unica, venne divisa in tre navate per mezzo di sei pilastri per parte, alcuni inseriti nel mosaico. Per necessità evidenti si stese un nuovo pavimento, posto a circa cm 40 sopra al primo: ne sono rimasti pochi tratti, strappati per lasciare visibili le parti più antiche. Un procedimento analogo è stato seguito per un altro lacerto, trovato dietro l'abside: entrambi i mosaici sono esposti sul muro di fondo del "folador".
L'edificio sacro subì un'ulteriore sistemazione, con colonne sostenenti archi e pavimentazione in lastroni di pietra, all'inizio del IX secolo, quando si installò il monastero delle benedettine.